双方合同协议现只存一份有效吗

只要合同本身有效，只有一份合同也是有效的。合同有效的要件：
1.主体合格，主体有民事行为能力和民事责任能力；
2.意思表示真实；
3.不违背法律法规，公序良俗。
《民法典》第四百六十五条，依法成立的合同，受法律保护。
依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。