刑事案件司法鉴定进行程序：
1、当事人申请鉴定，应当在举证期限内提出。
2、申请鉴定时，要预交鉴定费用，并提供相关材料。
3、当事人申请鉴定经法院同意后，由双方当事人协商确定有鉴定资格的鉴定机构、鉴定人员，协商不成时，由人民法院指定。
4、当事人对人民法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议申请重新鉴定。
法律依据：
《司法鉴定程序通则》第十五条
具有下列情形之一的鉴定委托，司法鉴定机构不得受理：
（一）委托鉴定事项超出本机构司法鉴定业务范围的；
（二）发现鉴定材料不真实、不完整、不充分或者取得方式不合法的；
（三）鉴定用途不合法或者违背社会公德的；
（四）鉴定要求不符合司法鉴定执业规则或者相关鉴定技术规范的；
（五）鉴定要求超出本机构技术条件或者鉴定能力的；
（六）委托人就同一鉴定事项同时委托其他司法鉴定机构进行鉴定的；
（七）其他不符合法律、法规、规章规定的情形。
